温州医科大学国际合作交流处、港澳台办公室是温州医科大学党委、行政领导下的外事工作执行机构，是学校执行国家外交政策和教育外事政策、处理全校涉外事务的归口管理职能部门，肩负着政策把关和外事管理的双重职责。其主要职责如下：

 一、贯彻、执行中央和上级领导机关关于外事工作的方针、政策和规定。
 二、根据国家和学校相关要求，制定学校外事政策和发展规划；
 三、指导、协调全校及附属医院的外事工作，做好归口管理工作；
 四、负责以学校名义开展对外联系，与国外高等院校、教育文化科研医疗机构建立合作与交流关系、签订合作协议的工作签订校际合作协议等工作；
 五、负责校级层面外事接待工作安排以及全校性重要外事活动的组织、协调工作；
 六、负责学校因公出国（境）团组受理、审核、报批和管理工作；
 七、配合上级部门做好援外医疗队员的选派、管理工作；
 八、负责外国文教专家来华工作手续办理及管理工作；
 九、负责学校各单位举办国际会议、中外合作办学的审核、报批及管理工作；
 十、指导各单位开展师生海外交流项目； 
 十一、协同有关部门共同做好外事纪律教育、对外宣传、保密及安全保卫工作；
 十二、负责港澳台事务归口管理。